在流通过程中保护中药材首先对中药材数量进行保护。中药材在流通过程中要经过多次搬运才能被消费者使用，易造成浪费，从而无法保证其应有数量，对其进行包装，使包装具备牢固性和耐久性，即可保证其数量在整个过程中不易损失。其次对中药材品质进行保护。中药材是用以防治疾病的特殊商品，其品质的好坏关系到疗效的高低及使用者的身体健康。而中药材本身的性质复杂，在不良环境中极易造成品质的改变，使之不能药用，造成浪费。选用适当的材料对其进行包装，达到密封、隔热、避光之效果，避免中药材霉蛀、泛油、潮解、粘连、变色和散失气味等，从而保证中药材品质。
方便运输、便于贮藏中药材没有包装是不能进入流通领域的。包装可使药材运输转运中的装、卸、搬运等环节免受再次污染。在贮藏中关系到计量、堆码、出仓、转仓倒垛、盘点等工作，同时包装质量好，做到规格化、标准化，不仅方便运输，有利贮藏，而且能降低商品损耗，节约保管费用。此外，中药材包装还有美化商品，指导消费，取得购销信誉，提高经营效果，促进消费等方面的作用。因此，中药材在完成产地加工后，应当十分重视中药材的包装。
中药材的包装方法和使用的材料现在普遍落后，由于现在的中药材包装使用麻袋较多，其它有竹筐或柳条筐，而纸箱包装的中药材较少。因此在中药材经产地加工之后，最好使用纸箱包装，可使各种标志直接印刷在纸箱上。包装前应再次检查并清除劣质品及异物。包装应有批包装记录，其内容包括品名、规格、产地、批号、重量、包装工号、包装日期等。每件中药材包装上应注明品名、规格、产地、批号、重量、包装工号、包装日期、生产单位、采收日期、贮藏条件、注意事项，并附有质量合格的标志。
中药材的储存和运输对药材的质量也有影响。储存不当可引起酶解、霉变、虫蛀、变色、挥发油散失或走油等，运输途中遇水、暴晒、污染等，均能导致药材变质，影响或失去疗效。根据具体药材的实际情况确定贮藏的时间，有些药材是越陈越好，如陈皮、吴茱萸等；而有的药材必须尽快使用，如含挥发油的薄荷、荆芥等。中药材 GAP 对中药材的仓库要求保持清洁、通风、干燥、避光和防霉变。温度、湿度应符合储存要求并具有防鼠、虫、禽畜的措施。
1、包装前应检查并清除劣质品及异物。包装应按标准操作规程操作，并有批包装记录，其内容应包括品名、规格、产地、批号、质量、包装工号、包装日期等。
2、所使用的包装材料应是清洁、干燥、无污染、无破损，并符合质量要求。
3、在每件药材包装上，应注明品名、规格、产地、批号、包装日期、生产单位，并附有质量合格的标志。
4、易破碎的药材应使用坚固的箱盒包装；毒性、麻醉性、贵重药材应使用特殊包装，并贴上相应的标记。
5、药材批量运输时，不应与其他有毒、有害、易串味物质混装，运载容器应具有较好的通气性，以保持干燥，并应有防潮措施。
6、药材仓库应通风、干燥、避光，必要时安装空调及除湿设备，并具有防鼠、虫、禽畜的措施，地面应整洁、无缝隙、易清洁。
药材应存放在货架上，与墙壁保持足够距离，防止虫蛀、霉变、腐烂、泛油等现象发生，并定期检查。
在应用传统储藏方法的同时，应注意选用现代储藏保管新技术、新设备。
中药材的包装、储存和运输可参考已有的药品包装和储存及运输方面的规范和规定。