中药材种植中过程中，田间杂草是一个让药农头痛的问题。除草分为物理除草和化学除草剂除草两种方法。
1、物理除草：优点是安全可靠，缺点是费工费时。通常的方法有：一是在中药材种好后，在覆土层上面覆盖稻草或树叶，如玉竹、百合等；二是在中药材种好后，在覆土层上面覆盖薄膜，待苗破土而出时揭去薄膜，或在有秧苗的地方开洞，让药苗破膜而出；如白术、瓜蒌等；三是人工除草。
2、化学除草：优点是省工省时，缺点是若除草剂施用不当，不仅不能增产，弄不好还会伤害药材植株。因此，施用除草剂，一定要学会方法，把握好度。
a.药材播种前除草。48％氟乐灵乳油和50％乙草胺乳油适合中药材播种前除草。48％氟乐灵乳油能有效防除一年生靠种子繁殖的禾本科杂草，如马唐草、牛筋草等，也可防除小粒种子的阔叶草。种子类中药材在播种前7~10天、杂草萌发出芽前，每亩用48％氟乐灵乳油80~100毫升兑水40~50公斤喷施中药材种植田表土，喷药后随即浅翻土壤5~7厘米。50％乙草胺乳油主要使杂草苗和根停止生长，对多种一年生禾本科杂草有特效，也可除去部分小粒种子的阔叶草。50％乙草胺乳油应在中药材播种前或移栽前10~15天、杂草出土前施用，每亩用70~75毫升药剂兑水40~60公斤均匀喷洒表土。
b.中药材播种后出苗前除草。20％克无踪水剂和41％农达水剂适合中药材播种后出苗前除草。对播种后需10~30天才出苗的中药材如柴胡、射干、防风等，每亩用20％克无踪水剂150~250毫升兑水25~30公斤，或用41％农达水剂150~200毫升兑水30~40公斤，在杂草见绿而中药材尚未出苗前喷洒，除掉杂草。但中药材出苗后就不要使用这两种药剂，以免杀死中药材苗。
c.中药材出苗后除草。 6％克草星乳油和10.8％高效盖草能适合中药材出苗后除草。6％克草星乳油对一年生阔叶杂草有很好的防除效果，对多年生杂草也有明显的抑制作用，适用于禾本科中药材如薏苡仁、麦冬、王不留行等药材的除草。每亩用6％克草星乳油70~80毫升兑水30~40公斤，在杂草平均高度5厘米以下喷施。10.8％高效盖草能施药适期长，杀草谱广，能有效防除一年生禾本科杂草如牛筋草、马唐草和狗尾草、狗牙根等多年生杂草，适用于阔叶药材如板蓝根、旱半夏、牛蒡子、白术等除草。一般每亩用该药剂25~30毫升兑水20~30公斤，以扇形喷头于杂草3~6叶期进行茎叶喷雾处理。
d.注意事项
1）注意化学除草剂的选择性、专一性和时间性，不可误用、乱用。
2）严格掌握限用剂量。除草剂使用应根据具体土质、考虑农田小气候，严格按药品说明规定的剂量范围、用药浓度和用药量使用。
3）合理混用药剂。两种以上除草剂混合使用时，要严格掌握配合比例和施药时间及喷药技术，并要考虑彼此间有无抵抗作用或其它副作用。可先取少量进行可混性试验，若出现沉淀、絮结、分层、漂浮和变质，说明其安全性已发生改变，则不能混用。此外还要注意混合剂增效功能，如杀草丹和敌稗混合剂除草功效比各单剂除草功效的总和要大，使用时要降低混合剂药量（一般在各单剂药量的一半以内），以免发生药害，保证药材安全。
4）注意施药隔离和风向，雾滴不过细，以免飘移造成邻近农田受到药害，同时注意对下茬作物的影响。
5）掌握好施除草剂的最佳时间和技术操作要领，妥善保存好药剂，防止错用，并搞好喷雾器具的清洗，以免误用，使其它作物产生药害。
6）注意环境条件对除草剂的影响，温度水分、光照、土壤类型、有机质含量、土壤耕作和整地水平等因素，都会直接或间接影响除草剂的除草效果。
7）灵活用药。药用植物基部药土法施药除草，要在无露水条件下进行，以免茎叶接触药液受害。对作物籽苗、胚芽敏感的药剂，土壤处理应在播种前盖籽后施药，并尽量提高播种质量，适当增加播种量。一些移栽药材因其苗大，而杂草幼小，可采取苗带（幼苗附近20—30厘米宽）集中施药。耐选择性差或触杀性除草剂实施保护性施药，即将药液直接喷雾或泼浇于土表，尽量不接触药材幼苗，且不能拖延至苗体旺盛、绿叶面积大时施用。若茬口允许，可在药材播栽前采取旱地浇灌、水田湿润和盖膜诱发等措施，使杂草提前萌发，再以药剂杀灭。
8）必须在有实践经验的专家或技术人员指导下购买除草剂或实施除草作业，以免造成经济损失和不良后果。