中药材生长发育需要多种营养元素，氮、磷、钾三元素需要量大，不同种类喜肥的规律也不同，施肥的总原则是：1～2年生全草类药材，苗期应多施氮肥，促茎叶生长，种子果实类药材施磷、钾肥；多年生及根和地下茎类药材，整地时要施足有机肥；生长期需追三次肥，第一次在春季萌发后，第二次在花芽分化期，第三次在花后果前，冬季进入休眠前还要重施越冬肥。
适当深耕土壤中的矿物质所含药用植物需要的养分多为不溶解的形态，必须通过适当翻耕、晒土，加速风化，才能把营养元素释放出来，为药用植物所吸收。
增施有机肥，有机肥可使土壤肥沃、疏松、保墒，特别是施用纤维多的粗肥，可防止土壤板结和盐渍化。
配方施肥通过土壤肥力测试，氮、磷、钾合理配方，同时注意科学补施锌、钼、硼、钙、硒等微量元素。
叶面喷施在配方施肥的同时，提倡叶面喷肥，既不易使土壤盐渍、酸化，又能追施养分提升土壤肥力。
科学栽种，因土制宜，合理轮作、间作、套种，使用地与养地相结合，均衡利用土壤中的养分，使土地“永葆青春”。
合理排灌晒田后灌水，有机态氮易被分解，铵氮明显增加。而旱地渍水呈涝害，缺水则土壤中的养分也难于被药用植物吸收。只有合理排灌，才能发挥土壤肥力。
搞好中耕，中耕能使土壤中微生物活性加强，利于土壤有效养分的释放与转化，增加土壤肥力。所以，中耕必不可少。
秸杆还田，将秸杆和农作物茎叶斩短切碎撒抛在土壤地表，然后，深翻埋入土壤中，使之腐烂分解转化而释放有效养分，提高土壤肥力。
养土保墒，免深耕以养土保墒，同时通过炼土即日晒雨淋，使土壤表层盐分溶解至深层；采用膜下滴灌，防止土壤板结。
结合改良对潜育化田地要开沟排水，增施磷、钾肥，水旱轮作等进行改造；对酸性土壤可施石灰来中和，促进微生物活动，加速有机质分解转化，促使肥力提升。
（1）砂质土壤：要重视有机肥如厩肥、堆肥、绿肥、土杂肥等，掺加粘土，增厚土层，增强其保水保服能力。追肥应少量多次施用，避免一次使用过多且流失。
（2）粘质土壤：应多施有机肥，结合加沙子，施炉灰渣类，以疏松土壤，创造透水通气条件，并将速效性肥料作种肥和早期追肥，以利提苗发棵。
（3）两合土壤：此类土壤兼有沙土、粘土的优点，是多数中药材栽培最理想的土壤，施肥以有机肥和无机肥相结合，根据栽培品种的各生长阶段需求合理地施用。
可选用的肥料种类及施用注意事项：
1、有机肥料：又称农家肥料，如堆肥、饼肥、绿肥等，其来源丰富广泛，含有大量氮、磷、钾及其他多种营养元素，长期施用能增进土壤的团粒结构，改良土壤性质，提高土壤的保肥、保水能力及通气性，具有迟效、速效和肥效长的多方面结合而发挥作用的特点，对多年生及根和地下茎类中草药如山药、细辛、人参、桔梗等施用效果较好。现将几种有机肥料的使用分别介绍如下：
①饼肥。饼肥对中药的品质有较好的作用，腐熟的饼肥可适当多用。一般高氮油饼不含有毒物质，作为肥料只要需粉碎就能施用。含氮量低的油饼常含有皂素或其他有毒物质，做肥料时需先经发酵，清除毒素。含毒素的油饼有菜籽饼、茶子饼、桐子饼、蓖麻子饼、柏子饼、苍耳子饼、花椒干饼和椿树子饼等。
②人、畜粪尿。人、畜粪尿必须要经过贮存、腐熟后才适宜施用。严禁在中药植株上浇不腐熟的人、畜粪尿。原因有三：一是新鲜人、畜粪尿含多种病菌病毒；二是新鲜人、畜粪尿难以被植物吸收利用，且不易被土壤所保蓄；三是新鲜人、畜粪尿所含盐分和养分浓度过高，会使土壤养分分布不匀而影响作物的生长。
③绿肥。我国肥源丰富，目前已栽培利用和可供栽培利用的绿肥植物就有200余种，是中药材GAP种植中有待开发利用的重要天然肥源。在我国南方各省主要利用冬闲田栽培紫云英、金花菜、箭舌豌豆、肥田萝卜以及蚕豆、豌豆和油菜等作为来年主要作物的肥源，而北方各省区以一年生绿肥居多，种类有箭舌豌豆、草木犀、绿豆等。
④秆肥。是重要有机肥源之一，作物秸秆含有相当数量的为作物所必需的营养元素，在适宜条件下通过土壤微生物或牲畜消化的作用，可使营养元素返回土壤，被作物所吸收利用，称作秸秆还田。秸杆还田可采取堆沤还田、过腹还田（牲畜粪尿）、直接翻压还田、覆盖还田等多种形式。操作时秸秆要直接翻入土中，注意与土壤充分混合，不要产生根系架空现象，并加入含氮丰富的人、畜粪尿、也可用一些氮素化肥，调节还田后的碳氮比为20：1.
⑤微生物肥料。是用特定微生物菌种培养生产的具有活性的微生物制剂，具有无毒无害，不污染环境的特点，对减小中药材硝酸盐含量，改善中药材品质有明显效果，可用于拌种、做基肥或追肥时使用。
⑥叶面（根外）肥料是喷施于植物叶片并能被其吸收利用的肥料，可含少量天然的植物生长调节剂（不得使用化学合成的植物生长调节剂）。一般是由天然有机物提取液或接种有益菌类的发酵液配加维生素、藻类、氨基酸等营养元素制成，也有一些是微量元素肥料。可施用1次或多次，但最后一次须在收获前20天喷施。
⑦其他肥料。如锯末、刨花、木材废弃物、不含防腐剂的鱼渣、骨粉、骨胶废渣、家禽家畜加工废料、糖厂废料、城市生活垃圾等。使用前一定要经过无害化处理，达对标准后才能使用，而且每年每公顷农田限制用量黏性土壤不超过45吨，沙性土壤不超过30吨。
2.无机肥料：又称化学肥料，如尿素、过磷酸钙、氨水等。这类肥料仅含一种或两种无机肥效成分，有效养分高，肥效快，但易造成土壤板结，有些肥料还对植物和土壤有选择性。全草类、叶类、果实种子类、花类中草药植物，可适当施用化肥，但必须与有机肥配合使用。
3.微量元素肥料：如硼酸、硫酸锌、硫酸铜等，多用来浸种成根外施肥。使用此类肥要注意选择合适的浓度和用量，在确保肥效和药效的情况下，可结合病虫害防治，将肥料与农药混合喷施。
追肥以速效肥料为主，且在非雨天施用为好。为了及时而充分地满足中药材在生长发育进程中对养分的需要，必须在其生长发育的不同时期，分期、分批施用。多年生中药材常于返青、分蘖、现蕾、开花等不同时期施用。以种子和果实为药的中药材，在蕾期和花期追肥为好；以根、根茎、鳞茎类为药的中药材，在地下部膨大期追肥可获高产。一年多次收获的中药材应在每次收获后及时追肥。追肥时应留意肥料的品种、浓度和用量，免得引起肥害。